Ako se botoks pravilno koristi, on je jedna od najbezbednijih procedura u estetskoj medicini. Mnogi se boje zato što se radi o toksinu. Ipak, u estetskoj medicini se koriste doze koje su 50 do 100 puta manje od doza koje bi mogle da izazovu trovanje. Zbog toga postoji inicijativa da se botoks vise ne naziva toksin, nego neuromodulator. Kada su u pitanju ostala neželjena dejstva tretmana, mogu da se jave modrice na mestu primene. Kod nekih pacijenata se javlja glavobolja, koja reaguje na uobičajene analgetike. Glavobolja je relativno retka sa modernim tehnikama aplikacije botoksa. Kada su u pitanju druga neželjena dejstva kao najvažnije treba spomenuti “pad” obrve i “pad” kapka. Ova neželjena dejstva su isključivo rezultat neadkvatnog tretmana. Na sreću, ova neželjena dejstva su prolazni i potpuni oporavak kod većine pacijenata bude za 4-5 nedelja. Asimetrična mimika, loš položaj obrva (suviše visoke, ili obrve neadekvatnog oblika) mogu se korigovati stručnom primenom botoksa u određene mišiće.